A doença de Kawasaki causa algumas complicações no coração, principalmente devido a possíveis danos nas artérias coronárias.1. Por exemplo, leva a um aumento excessivo das artérias coronárias, o que pode causar mais aneurismas.2. Pode levar ao estreitamento das artérias coronárias, e o risco de formação de coágulos sanguíneos aumenta muito.3. Os bebés cujas artérias coronárias foram danificadas têm mais probabilidades de ter um ataque cardíaco do que a população em geral, mesmo depois de a doença ter sido curada.4. A doença das artérias coronárias pode facilmente provocar arritmias e miocardite nos bebés, podendo causar regurgitação mitral e vasculite.