Os tumores mesenquimatosos gástricos são examinados por gastroscopia, na qual são visíveis o fundo, o corpo do estômago e, por vezes, os seios paranasais, mas com menor frequência. Pode ser visto como uma protuberância submucosa com uma superfície relativamente lisa que requer endoscopia por ultra-sons para ver de que camada provém. Quer sejam hipoecogénicos ou hiperecogénicos, os tumores mesenquimatosos são geralmente predominantemente hipoecogénicos. É mais fácil diagnosticar um tumor mesenquimatoso por gastroscopia. Se beber bário, pode ver-se um claro defeito de enchimento. Depois, existe a possibilidade de efectuar uma TAC e uma RMN. Estas ajudam a determinar a natureza do tumor. Além disso, pode ser realizada uma angiografia, que, embora não seja frequentemente utilizada para diagnosticar tumores mesenquimatosos, também permite introduzir um tubo no local do tumor e injectar contraste para verificar se existe um fornecimento abundante de sangue. Actualmente, para além da cirurgia, também pode ser tratado por desbridamento endoscópico. O primeiro passo é determinar, através de endoscopia por ultra-sons, se o tumor mesenquimal está a crescer para dentro ou para fora. Se se tratar de um tumor mesenquimal que está a crescer para fora da cavidade gástrica, é recomendada a cirurgia e pode ser efectuado um desbridamento laparoscópico, sendo necessária uma revisão regular após o tratamento.