Vinte por cento das infecções do trato respiratório superior são causadas por bactérias e 70-80% por vírus. As bactérias encontram-se principalmente na cavidade oral sob a forma de bactérias colonizadoras, como o Streptococcus haemolyticus. Segue-se o Haemophilus influenzae, bem como o Streptococcus pneumoniae e o Staphylococcus staphylococcus, todos eles bactérias Gram-positivas. É claro que existem algumas bactérias Gram (-), mas são menos comuns. De facto, a maioria das infecções do trato respiratório superior são causadas por infecções virais e apenas uma pequena percentagem é causada por bactérias. A maioria destas infecções bacterianas são também secundárias a infecções virais, pelo que os antibióticos podem ser aplicados a infecções bacterianas. Se se tratar de uma infeção viral, normalmente não são necessários antibióticos e a infeção é auto-curativa, podendo ser curada em cerca de uma semana.