As desvantagens da cirurgia discoscópica minimamente invasiva incluem geralmente uma relativa suscetibilidade de recorrência após a cirurgia e a suscetibilidade de lesões nas raízes nervosas. A cirurgia discoscópica minimamente invasiva é um procedimento minimamente invasivo que envolve normalmente uma pequena abertura cirúrgica e uma exposição limitada. Como resultado, a operação é limitada na descompressão ou no alívio dos sintomas, o que pode levar à remoção incompleta da hérnia discal, deixando parte da lesão para trás, tornando o paciente suscetível à recorrência pós-operatória. Quando o núcleo pulposo do disco intervertebral comprime as raízes nervosas durante muito tempo e numa grande área, a adesão entre as raízes nervosas será mais grave. A cirurgia discoscópica minimamente invasiva pode não ser capaz de determinar a localização exacta das aderências, o que pode causar danos nas raízes nervosas nas aderências e levar a complicações correspondentes. Apesar das suas desvantagens, a cirurgia discoscópica minimamente invasiva é menos invasiva, de recuperação mais rápida e adequada para os doentes que são intolerantes à cirurgia aberta. Os doentes são aconselhados a seguir as instruções do seu médico para avaliar o seu estado antes de escolherem o procedimento cirúrgico adequado.