Na prática clínica, o iodóforo é um desinfectante relativamente comum e é amplamente utilizado por ser menos irritante para a pele e mais eficaz na desinfecção. Uma vez que os doentes necessitam frequentemente de utilizar desinfectantes durante os procedimentos médicos, especialmente os procedimentos cirúrgicos, o iodóforo é amplamente utilizado por ser menos irritante, mais frequentemente para a desinfecção cirúrgica. Antes de efectuar uma cirurgia, a área a abrir tem de ser desinfectada com um anti-séptico e, na maioria dos casos, opta-se pelo iodóforo. O iodóforo medicinal também pode ser utilizado na vida quotidiana, por exemplo, no tratamento de feridas por conta própria.