As contra-indicações à vacinação incluem doenças infecciosas agudas ou febre. Crianças com doenças agudas ou crónicas tais como doença renal, doença cardíaca ou tuberculose activa, ombros acolchoados, susceptibilidade a convulsões, sequelas neurológicas de encefalite, etc., e crianças com alergias não devem ser vacinadas. Outras precauções são as reacções adversas após a vacinação, que são muito leves e manifestam-se como vermelhidão, inchaço e pressão no local de vacinação, e na maior parte das vezes, diminuem por si próprias no prazo de 24 horas. Um pequeno número de bebés pode ter uma febre de curta duração, que não requer tratamento especial, mas se exceder 38°C, são necessárias medidas de redução da febre.