Os efeitos secundários do cloridrato de levofloxacina são principalmente os seguintes: se os doentes o tomarem com analgésicos anti-inflamatórios não esteróides, como a aspirina, o ibuprofeno, etc., pode provocar espasmos musculares em todo o corpo do doente; se for utilizado simultaneamente com medicamentos hipoglicemiantes orais, pode provocar o desequilíbrio da glicose no sangue do doente, incluindo hiperglicemia e hipoglicemia. Alguns doentes podem apresentar reacções gastrointestinais, como náuseas, vómitos, diarreia, dispepsia, etc. Alguns doentes podem também apresentar reacções alérgicas, como edema generalizado, urticária, erupção cutânea, prurido, eritema, erupção maculopapular, etc. Alguns doentes podem também apresentar reacções neurológicas, tais como tremores musculares, dormência, anomalias visuais e sonolência, e alguns doentes apresentam também dores de cabeça e tonturas. A utilização prolongada deste medicamento pode também ocorrer em doentes com níveis elevados de azoto ureico na urina ou com insuficiência hepática transitória. Este tipo de medicamento é proibido a doentes com menos de 18 anos de idade, pois pode afetar o crescimento e o desenvolvimento dos doentes.