As doenças inflamatórias do trato gastrointestinal, como a mucosite intestinal, a ileíte segmentar e a infeção por Helicobacter pylori, são as principais causas de movimentos intestinais irregulares e de flatulência excessiva. As lesões inflamatórias do trato gastrointestinal do doente conduzem ao aparecimento de disfunções funcionais e ao desequilíbrio da proporção do fenómeno da flora bacteriana. Quando o alimento entra no trato digestivo, não só não pode ser decomposto e absorvido normalmente, como também terá reacções metabólicas excessivas com bactérias nocivas, gerando uma grande quantidade de substâncias gasosas. Os gases e os nutrientes entram no trato digestivo inferior com a ação peristáltica do estômago e dos intestinos, o que provoca evacuações frequentes, aumento dos gases, diarreia, fezes líquidas e outros sintomas. No entanto, não se pode excluir a possibilidade de doenças digestivas não inflamatórias, como a síndrome do intestino irritável, a disbiose da flora intestinal e a síndrome de má absorção do intestino delgado.