Do ponto de vista clínico, não existem provas de que a nattoquinase dissolva a placa intravascular e não existem medicamentos muito eficazes para dissolver a placa intra-arterial. Os efeitos de dissolução da placa bacteriana da nattokinase actualmente anunciados na Internet têm de ser confirmados por estudos clínicos. Por conseguinte, os doentes com placas intravasculares são aconselhados a procurar activamente assistência médica para um tratamento sistémico específico e a não acreditar na propaganda excessiva do sector comercial para evitar atrasar o seu estado. Embora a nattoquinase não possa dissolver a placa, pode ajudar a reforçar os efeitos trombolíticos e anticoagulantes através de diferentes vias, ajudar a inibir a coagulação plaquetária que conduz à trombose, ter um efeito benéfico na prevenção da aterosclerose e ajudar a melhorar a circulação sanguínea. Além disso, a nattoquinase tem alguns efeitos anti-hipertensivos, hipolipidémicos, antioxidantes e neuroprotectores, que são benéficos para os doentes com doença cerebrovascular. No entanto, a utilização a curto prazo da nattoquinase por si só não costuma produzir resultados significativos, sendo necessária uma consulta médica activa. Na presença de placa aterosclerótica, se não houver estenose significativa, podem ser administradas estatinas orais, sob controlo médico, para regular os níveis lipídicos, e podem ser administradas terapêuticas anticoagulantes e trombolíticas, como a varfarina e a heparina de baixo peso molecular, bem como vasodilatação e remodelação cardíaca, consoante as circunstâncias. Se a estenose for significativa ou mesmo bloqueada, para além da medicação, pode ser indicada uma terapêutica de intervenção ou uma cirurgia de bypass para evitar o agravamento da situação, que pode ter um impacto negativo na segurança da vida.