O Enterococcus faecalis é uma das espécies da flora do trato intestinal humano, que é inofensiva para os seres humanos em circunstâncias normais e só pode causar doenças se o corpo humano sofrer um desequilíbrio da flora e uma redução da função imunitária. Como flora do trato intestinal humano, a E. faecalis desempenha um determinado papel. Pode aderir à mucosa intestinal e inibir a adesão de outras bactérias patogénicas para manter a saúde intestinal. O Enterococcus faecalis produz bacteriocinas, ácido lático e peróxido de hidrogénio durante o metabolismo para baixar o pH intestinal e manter o equilíbrio microecológico intestinal. O E. faecalis também produz nutrientes, bem como interferões e citocinas que desempenham um papel na saúde humana. No entanto, quando o corpo humano utiliza antibióticos em grandes quantidades ou quando o sistema imunitário está fraco, a E. faecalis pode sair do seu local normal de acolhimento e entrar noutros tecidos, altura em que pode tornar-se patogénica e causar doenças. Quando ocorre uma infeção por E. faecalis, os doentes devem dirigir-se ao hospital a tempo de receberem um tratamento específico para evitar atrasos e consequências adversas.