Os efeitos da amigdalectomia em crianças são condições como a deficiência imunitária transitória. Os efeitos a longo prazo são atualmente controversos. As amígdalas são um órgão imunitário e estão envolvidas na resposta imunitária do corpo. A remoção das amígdalas resulta numa diminuição da imunidade e pode levar a um aumento a curto prazo da probabilidade de o corpo desenvolver infecções. No entanto, com a idade, as amígdalas diminuem gradualmente após a puberdade, pelo que a existência de algum efeito a longo prazo é ainda controversa. Em caso de aumento excessivo das amígdalas que afecte a respiração, inflamação recorrente e incapacidade de melhorar após tratamento conservador, pode ser recomendada a excisão cirúrgica, porque é evidente que as desvantagens superam as vantagens, mas deve ser realizada por um médico profissional num hospital, e a cirurgia deve ser realizada após a avaliação do médico, e a operação deve ser observada após a operação, e o desconforto deve ser tratado atempadamente.