A hidrocefalia pode ocorrer no final da gravidez. A hidrocefalia no final da gravidez é conhecida como hidrocefalia congénita, que se refere ao desenvolvimento de hidrocefalia no feto durante a gravidez e pode ser desencadeada por várias causas. A hidrocefalia pode ocorrer tanto a meio como no final da gravidez. A hidrocefalia fetal pode ocorrer se a mulher consumir álcool, fumar ou for exposta a substâncias tóxicas, radiações, etc., ou se tomar determinados medicamentos, infecções virais ou bacterianas, etc., durante a gravidez. A hidrocefalia fetal é geralmente detectada por volta das 18 semanas de idade, ou mais tarde na gravidez. Por isso, as mulheres são aconselhadas a fazer exames regulares durante a gravidez, e a deteção precoce da hidrocefalia pode ser conseguida através de exames de gravidez como a ecografia.