Quando um quisto enorme na área apical é drenado, recomenda-se geralmente a drenagem da polpa aberta e, em seguida, limpar a secreção no interior e realizar a preparação do canal radicular e a desinfeção do canal radicular. Em relação ao quisto de grandes dimensões na zona apical, pode optar-se por drenar o abcesso abrindo a polpa, de modo a reduzir a secreção de fluido no interior da cápsula e, em seguida, efetuar a preparação do canal radicular, a desinfeção do canal radicular e injetar medicamentos na zona apical, o que poderá eliminar diretamente o quisto. Para quistos apicais maiores, a drenagem não é eficaz. Geralmente, recomenda-se que esses pacientes escolham a cirurgia apical, ou seja, gengivectomia e retalho, abram a janela para expor o ápice da raiz, excisem parte do ápice da raiz e o cisto e realizem a obturação por inversão apical. Se for detectado um quisto apical de grandes dimensões, recomenda-se que procure aconselhamento médico e opte por um tratamento regular sob a orientação de um profissional médico, tendo em conta a gravidade e a evolução da doença.