O período de hipotiroidismo na tiróide subaguda dura cerca de 1-2 meses, o que varia de pessoa para pessoa, e dura mais tempo em doentes mais graves. No entanto, independentemente do tempo que dura, a função tiroideia do doente acaba por voltar ao normal sem necessidade de terapêutica de substituição oral da tiróide. No entanto, alguns doentes com tiróide subaguda desenvolveram hipotiroidismo permanente. Estes doentes também apresentam níveis elevados de anticorpos de tiroglobulina ou de anticorpos de peroxidase da tiróide no sangue, o que corresponde a uma tiroidite de Hashimoto combinada com tiroidite subaguda.