Existem riscos associados à realização de uma amniocentese, mas atualmente esta é feita sob a orientação de ultra-sons e a incidência de riscos é baixa. A amniocentese é um procedimento invasivo que acarreta alguns riscos. Como a punção pode provocar a saída de líquido amniótico ou mesmo contracções, que podem desencadear a rutura prematura das membranas, pode também provocar uma infeção bacteriana da cavidade amniótica, que por sua vez pode desencadear um aborto espontâneo. Embora existam alguns riscos associados à amniocentese, esta é atualmente realizada sob a orientação da ecografia e a incidência de riscos é baixa. Se for detectado um número anormal de cromossomas durante a gravidez, ou se a mulher grávida tiver mais de 35 anos, não deve ser desencorajada pelos riscos se houver uma necessidade médica de amniocentese. As pacientes que necessitam de amniocentese devem colaborar com o médico durante o procedimento, prestar atenção ao repouso e aos cuidados a ter após a punção e dirigir-se atempadamente ao hospital se surgirem sintomas como dores abdominais, inchaço ou corrimento vaginal, para evitar consequências adversas.