As desvantagens da apendicectomia são as seguintes: 1. Os doentes operados num hospital de cuidados primários ou por um cirurgião júnior com hemostase deficiente podem sofrer hemorragias pós-operatórias. Se o coto do apêndice não for manuseado correctamente, pode originar uma fístula intestinal, que é uma complicação mais grave.2. Podem ocorrer aderências intestinais em qualquer laparotomia e, se o apêndice estiver séptico, as aderências serão relativamente graves e podem evoluir para obstrução intestinal.3. Devido à septicemia e à perfuração do apêndice durante a cirurgia, o pus que contamina a incisão cirúrgica pode facilmente originar uma infecção incisional e alguns doentes obesos Também é fácil desenvolver infecção por liquefacção de gordura. Estes são alguns dos riscos da apendicectomia, que são geralmente causados por manuseamento incorrecto durante ou após a cirurgia.