A maioria das doenças cardíacas congénitas é o resultado da interacção de múltiplos genes com o ambiente, o que significa que um progenitor com doenças cardíacas congénitas não causa directamente a doença no seu filho. A doença cardíaca congénita é uma condição em que o coração e os grandes vasos sanguíneos se desenvolvem anormalmente no feto e as lesões estão presentes no nascimento, referida como doença cardíaca congénita. As anomalias de desenvolvimento incluem anomalias anatómicas ou falha no fecho de canais que devem fechar-se automaticamente após o nascimento (o que é normal no feto). As causas das doenças cardíacas congénitas são complexas e não se chegou a conclusões definitivas. As quatro influências mais reconhecidas incluem factores genéticos, factores ambientais, medicamentos e factores de doença. No entanto, a genética não é responsável por uma elevada proporção de casos, apenas 8%. No caso da trissomia do cromossoma 21, por exemplo, cerca de 50% dos doentes com esta condição têm cardiopatias congénitas. A maioria dos casos de defeito do septo atrial puro, defeito do septo ventricular, canal arterial patente e tetralogia de Fallot são poligénicos, e não é raro que irmãos, pais e filhos tenham a doença ao mesmo tempo, e a natureza da doença é muito semelhante. A exposição da mãe a factores químicos e físicos ambientais durante a gravidez, a exposição a drogas teratogénicas, infecções virais ou co-morbilidades como a diabetes mellitus podem ter um impacto significativo no desenvolvimento de doenças cardíacas congénitas. Em conclusão, é inconclusivo se a doença cardíaca congénita é sempre herdada, mas a genética é um dos factores de risco de doença cardíaca congénita.