A faringite crónica pode ter uma relação causal com a formação de quistos das amígdalas. Os quistos das amígdalas formam-se quando o conteúdo da fossa amigdalina não pode ser expelido devido a cicatrizes e aderências inflamatórias, sendo esta a patogénese dos quistos das amígdalas devidos a amigdalite crónica criptogénica. As secreções e os factores inflamatórios produzidos pela amigdalite crónica estimulam a mucosa faríngea, resultando em congestão, dilatação capilar, exsudação plasmática e hiperplasia dos tecidos conjuntivos e linfáticos da submucosa, que se repetem e conduzem a faringite crónica. Quando a faringite crónica tem episódios agudos repetidos e é estimulada por factores patogénicos, terá um efeito adverso nas amígdalas ao mesmo tempo, levando a uma amigdalite crónica concomitante ou secundária, existindo assim a possibilidade de causar quistos nas amígdalas. Se houver desconforto na faringe, deve dirigir-se atempadamente ao hospital para um exame sistemático, diagnóstico e tratamento sob a orientação do médico.