O complemento elevado C1q está associado a muitas doenças auto-imunes relacionadas, tais como lúpus eritematoso sistémico, artrite reumatóide, bem como escleroderma, vasculite, ou púrpura alérgica, bem como gota e osteomielite. O complemento C1q é de grande importância no diagnóstico destas doenças e também no controlo da sua eficácia. Isto porque assegura o transporte e a libertação dos complexos imunitários circulantes no organismo. O complemento C1q pode diminuir transitoriamente durante a fase aguda e activa de doenças auto-imunes como o LES, e depois aumentar quando estas doenças entram em remissão e recuperação. Além disso, o complemento C1q pode ajudar a diagnosticar algumas perturbações congénitas de deficiência do complemento.