A tendência para a recorrência do transplante de células estaminais de linfoma está relacionada com o facto de ainda existirem células de linfoma no organismo.
O transplante de células estaminais do linfoma é precedido de quimioterapia e de outros pré-tratamentos, que podem matar ao máximo as células do linfoma no organismo, mas não é garantido que seja a 100%. Se ainda restarem células de linfoma no corpo, uma vez que estas células proliferem após o transplante de células estaminais, isso levará à recorrência do linfoma.
A duração da recidiva do linfoma após o transplante de células estaminais também determina o prognóstico do doente. Se houver uma recidiva a curto prazo após o transplante de células estaminais, o prognóstico é muito mau; se houver uma recidiva cinco ou mesmo mais de dez anos após o transplante de células estaminais, o prognóstico é bom e a quimioterapia pode ser aplicada de novo, o que muitas vezes tem resultados satisfatórios.