A micafungina é utilizada principalmente para o tratamento de infecções por Candida no esófago e como profilaxia para transplantes de medula óssea e neutropenia. A micafungina encontra-se principalmente no fígado, nos rins e no baço, e grandes quantidades podem causar danos nos órgãos relevantes, pelo que deve ser sempre utilizada sob controlo médico. Em caso de queda da tensão arterial, desconforto na boca, dificuldade em respirar e rubor facial, edema ou urticária no corpo, deve procurar-se activamente um tratamento para reduzir ao mínimo as complicações e evitar problemas respiratórios potencialmente fatais. A micafungina, como agente antifúngico, é muito eficaz, mas deve ser aplicada sob controlo médico.