A primeira coisa a considerar é o tipo de cirurgia que pode ser feita com plasma a baixa temperatura. Geralmente, quando se usa plasma a baixa temperatura para amigdalite ou hipertrofia adenoideana, os resultados são relativamente bons e não há efeitos secundários. No entanto, no caso de cirurgia ao nariz, faringite crónica e hiperplasia folicular linfóide, podem ocorrer alguns efeitos secundários se não forem utilizados correctamente. Por exemplo, no caso de hiperplasia folicular linfática na faringe, o paciente pode experimentar mais tarde um aumento da secura e comichão na faringe se o procedimento de ablação por radiofrequência do plasma a baixa temperatura não for devidamente dominado ou se a área atingida for demasiado grande. No tratamento da rinite crónica ou alérgica, se o turbinado inferior for ablado em grande medida, o paciente pode sofrer de atrofia do turbinado inferior numa fase posterior. Em alguns casos, pode também causar uma grande quantidade de corrimento nasal, o que pode levar à hiperventilação e, em alguns casos graves, a sintomas psiquiátricos, pelo que se deve ter cuidado ao utilizá-lo para garantir que as indicações sejam correctas.