Se a cirurgia à atresia anal congénita irá ou não voltar ao normal depende da condição específica. Algumas podem voltar ao normal e outras não.
No caso da atrésia anal baixa, se for detectada de forma relativamente atempada e se o esfíncter anal e os músculos do pavimento pélvico do doente tiverem boa força e estrutura. Com uma plicatura reto-anal rápida, pode normalmente ser curada e voltar ao normal.
No caso de atresia anal moderada a alta, o tratamento é mais difícil e, se o esfíncter anal e os músculos do pavimento pélvico do doente forem fracos e deficientes, mesmo que a cirurgia seja efectuada, pode não ser possível voltar completamente ao normal.
No caso de atresia anal congénita combinada com outras malformações, o seu tratamento é muito difícil, como a combinação de fístula vesicovaginal, fístula perineal, fístula retovaginal, etc., e a sua probabilidade de voltar ao normal não é elevada.
Recomenda-se que os doentes que precisam de fazer atresia anal congénita vão ao hospital a tempo, sigam as instruções do médico para o tratamento, para evitar atrasar a condição.