A ecografia transrectal não está normalmente associada a dor, mas pode estar associada a desconforto perianal, que é geralmente ligeiro. A ecografia transrectal é realizada através da colocação de uma sonda no recto, de preferência após uma evacuação. Se o doente não tiver evacuado, é necessário efectuar um clister para remover as fezes do intestino. Em primeiro lugar, pode verificar a existência de doença rectal ou perianal, como pólipos rectais, tumores rectais e o seu tamanho e nível de invasão. Pode também verificar a localização e o tamanho dos abcessos perianais, bem como a abertura interna das fístulas anais, o alinhamento dos tractos sinusais, etc. Em segundo lugar, pode ser utilizado para exames ginecológicos da pélvis, do útero e dos anexos, da bexiga e do ureter, e da próstata nos homens.