A azitromicina pertence ao grupo dos antibióticos macrólidos e os seus efeitos secundários são, em grande parte, os mesmos que os de outros antibióticos. Os mais comuns são os distúrbios digestivos, como indigestão, flatulência, gastrite e candidíase oral. Distúrbios neurológicos, como dores de cabeça e sonolência. Além disso, podem ocorrer reacções alérgicas, como prurido e cãibras localizadas, e outras, como sabor anormal. Outros pacientes, especialmente os idosos, também podem apresentar distúrbios cardiovasculares, como arritmia, taquicardia ventricular, prematuridade atrial e ventricular. Doenças do sistema urinário, como a nefrite intersticial e a insuficiência renal aguda. O sistema hematopoiético pode também apresentar-se com trombocitopenia. Foram também registadas doenças do sistema hepatobiliar, como hepatite e iterícia colestática.