Clinicamente, os doentes com epilepsia por encefalite podem ser tratados com medicamentos antivirais, antibióticos e antiepilépticos, conforme prescrito. Após o início da encefalite, o tratamento deve primeiro ser baseado na causa da doença. Por exemplo, a encefalite viral pode ser tratada com medicamentos antivirais, como as cápsulas de ganciclovir e as cápsulas de aciclovir. A encefalite bacteriana pode ser tratada com antibióticos, como a cefalosporina e a penicilina. Em segundo lugar, se se tratar de uma convulsão de pequeno mal induzida por encefalite, que geralmente dura um curto período de tempo, pode ser tratada com medicamentos como comprimidos de oxcarbazepina, comprimidos de carbamazepina, etc., conforme prescrito pelo médico. Se se tratar de uma crise de grande mal, pode ser tratada com comprimidos de valproato de sódio, comprimidos de fenitoína sódica e outros medicamentos prescritos pelo médico. Em suma, os doentes com epilepsia por encefalite devem ir ao hospital a tempo de consultar o médico, esclarecer a causa da doença e, em seguida, efetuar um tratamento específico. A utilização de medicamentos deve ser efectuada sob a orientação do médico.