Os doentes com gastrite atrófica crónica não podem tomar omeprazol durante muito tempo, a gastrite atrófica crónica refere-se às células da mucosa gástrica que são danificadas e estimuladas por vários factores, resultando na atrofia das glândulas da mucosa gástrica, de modo a perder a função de secreção de ácido gástrico e pepsina. O ácido gástrico e a pepsina, como principal fluido digestivo para a digestão e decomposição dos alimentos, enfraquecem a função de decomposição e digestão dos alimentos quando a quantidade de secreção é reduzida. Uma vez que os doentes com gastrite atrófica apresentam atrofia das células da mucosa gástrica, a atrofia das células da mucosa gástrica após a secreção de ácido gástrico é inferior ao normal, e o omeprazol é um fármaco supressor de ácido, o omeprazol em si pode levar a uma diminuição do ácido gástrico, pelo que os doentes com gastrite atrófica, se tomarem omeprazol durante um longo período de tempo, farão com que o ácido gástrico original, já reduzido, se torne ainda menor, e também conduzirão a muitas complicações, por exemplo, doentes com gastrite atrófica a longo prazo A ingestão de omeprazol agravará os sintomas da gastrite atrófica, levando à digestão do paciente, a função de absorção é enfraquecida e, a longo prazo, o serviço também pode causar um aumento nas chances de câncer gástrico, mas também levar à osteoporose, à recuperação de drogas e a outras reações adversas, portanto, os pacientes com gastrite atrófica não podem comer omeprazol por muito tempo.