A principal causa da fenda labial e palatina são os factores genéticos, para além de estar também relacionada com factores ambientais. 1) A fenda labial e palatina é uma malformação congénita do desenvolvimento da região oral e maxilofacial, que se pode manifestar como uma fenda labial ou palatina separada, ou como uma fenda labial combinada com uma fenda palatina. 2) A fenda do lábio e do palato é determinada por factores genéticos e ambientais. Os factores genéticos são a causa principal, que pode ser familiar ou causada por mutação genética, duplicação ou supressão anormal de cromossomas. Se alguém na família tiver tido uma fenda labial, as probabilidades de o bebé desenvolver uma fenda labial aumentam. Também está associada a factores ambientais, como a condição física da mãe nos primeiros tempos de gravidez, a alimentação, a toma de determinados medicamentos e a exposição a vírus e produtos químicos.