A medicação clínica para a pielonefrite consiste principalmente em medicamentos anti-infecciosos, bem como em medicamentos para melhorar os sintomas. A pielonefrite é uma doença infecciosa causada por bactérias e outros agentes patogénicos, e os principais medicamentos de tratamento são os anti-infecciosos, como a penicilina, a cefalosporina ou os antibióticos de quinolona para infecções bacterianas, amoxicilina, cefuroxima, levofloxacina, etc., normalmente utilizados. As infecções fúngicas implicam a necessidade de aplicar medicamentos antifúngicos, como o itraconazol, o voriconazol, o fluconazol, etc. Se o doente apresentar sintomas evidentes de irritação da bexiga, pode ser aplicado bicarbonato de sódio para alcalinizar a urina e reduzir os sintomas de irritação da bexiga. Todos os tipos de medicamentos têm efeitos secundários, como a penicilina, os antibióticos de cefalosporina têm a possibilidade de provocar alergias graves, os antibióticos de quinolona têm a possibilidade de provocar o subdesenvolvimento da cartilagem, pelo que a escolha dos medicamentos para o tratamento da pielonefrite tem de ser feita por especialistas, de acordo com os diferentes organismos causadores do doente, e não deve ser utilizada isoladamente.