As crianças com TDAH que são tratadas com medicamentos podem sofrer certos efeitos secundários. Os efeitos secundários mais comuns do tratamento com metilfenidato são: perda de apetite, perda de peso, problemas de sono, dor de cabeça, dores de estômago e irritabilidade. Os efeitos secundários mais comuns da tomoxetina são: náusea, perda de apetite e perda de peso. Um pequeno número de crianças pode sentir-se sonolento ou irritável durante o dia depois de tomar o medicamento. Em geral, os efeitos secundários são geralmente ligeiros e não ameaçadores e podem diminuir com o uso continuado do medicamento ou podem ser aliviados com a modificação do tratamento pelo médico.