A separação de instrumentos é uma complicação relativamente comum do tratamento do canal radicular. O tratamento mais convencional após a separação de instrumentos consiste em remover a agulha partida, tanto quanto possível. Se o pino partido for demasiado profundo e dispendioso de remover, o que pode levar à penetração lateral ou à fratura da raiz, pode ser deixado de fora por enquanto e tratado com plastinação ou obturação convencional do canal radicular. Os pinos partidos localizados no 1/3 apical da raiz não são fáceis de remover, mas na maioria dos casos não há muita inflamação após o tratamento do canal radicular nesta localização. Os pinos partidos que ultrapassaram o ápice da raiz devem ser removidos atempadamente porque constituem um corpo estranho que pode irritar o osso apical e causar granulomas ou abcessos no ápice da raiz. Também é importante remover os pinos partidos que se quebraram na raiz, tanto quanto possível, para evitar um tratamento imperfeito do canal radicular.