Os efeitos secundários da Atropina 0,01% incluem boca seca, rubor da pele, pupilas dilatadas e batimento cardíaco acelerado. Existe um risco de reacções alérgicas, como conjuntivite alérgica e blefarite alérgica. Embora a concentração de 0,01% de atropina seja muito baixa, também pode ter efeitos secundários, como boca seca, rubor da pele e batimento cardíaco acelerado. Além disso, os colírios de atropina são paralisantes do músculo ciliar, o que pode dilatar a pupila, provocando fotofobia e visão turva de objectos próximos. Para os doentes alérgicos, mesmo concentrações baixas podem causar reacções de perversão alérgica, como conjuntivite alérgica e blefarite alérgica. Utilizar colírios de atropina a 0,01% com compressão da zona do saco lacrimal para evitar a toxicidade por inalação para a cavidade nasal. Está contraindicado em doentes com glaucoma ou lesões orgânicas evidentes do sistema cardiovascular, e não deve ser utilizado em doentes com mais de 40 anos de idade. Recomenda-se que a atropina a 0,01% seja utilizada sob controlo médico para evitar desconforto.