Geralmente, não existem efeitos secundários da toma de probióticos. Os efeitos secundários menos comuns são o aumento da frequência das fezes e possíveis alergias em alguns doentes que tomam probióticos. Os probióticos são microrganismos activos benéficos que, ao colonizarem o organismo, alteram a composição da flora de uma determinada parte do hospedeiro. Os probióticos são seguros e não foram identificados efeitos secundários tóxicos significativos. Os benefícios da toma de probióticos incluem a promoção da digestão e absorção de nutrientes, a manutenção do equilíbrio da estrutura da flora intestinal, a proteção da barreira da mucosa intestinal e a ajuda na melhoria da imunidade. No entanto, a utilização de medicamentos tem de ser cautelosa, de modo a conseguir uma utilização científica e razoável dos probióticos, evitar a ingestão excessiva e a suplementação de probióticos, caso contrário irá perturbar o ambiente intestinal. Os efeitos secundários raramente observados são o aumento da frequência das fezes e uma possível alergia em algumas crianças que tomam probióticos. Para pessoas com baixa imunidade, obstipação, diarreia e indigestão, os probióticos podem ser tomados adequadamente sob a orientação de um médico para melhorar os sintomas.