A gastroenterite aguda causada pela síndrome do intestino irritável preferiu a ceftriaxona e outro tratamento anti-infecioso da gastroenterite aguda e, em seguida, a síndrome do intestino irritável é principalmente o tratamento sintomático, como a dor abdominal é dada escopolamina, mas também a aplicação de drogas psicotrópicas. A gastroenterite aguda, pode ser um gatilho para a síndrome do intestino irritável, exceto que a síndrome do intestino irritável não é um início súbito, há muitas vezes uma certa base patológica, como a própria anormalidade do movimento do trato intestinal, anormalidades sensoriais viscerais ou distúrbios psicológicos mentais. Em primeiro lugar, os factores causais devem ser eliminados e a gastroenterite aguda deve ser bem tratada, aplicando-se geralmente um tratamento anti-infecioso com cefalosporinas, como a ceftriaxona, e antibióticos de quinolonas, como a levofloxacina. O tratamento da síndrome do intestino irritável inclui aqueles com dor abdominal podem escopolamina e outros analgésicos antiespasmódicos anticolinérgicos, aqueles com inchaço podem ser administrados domperidona, mosaprida para promover a dinâmica gastrointestinal, diarréia pode ser dada a montelukast para parar a diarréia, bifidobactérias para regular a flora intestinal, e constipação pode ser aplicada à lactulose e outras drogas. A gastroenterite aguda causada pela síndrome do intestino irritável deve ir ao hospital, sob a orientação do tratamento médico. Não se auto-medicar para evitar reacções adversas.