Os perigos das máquinas de fisioterapia situam-se principalmente em dois domínios: em primeiro lugar, qualquer tratamento de fisioterapia pode gerar calor. Demasiado calor pode causar queimaduras e contusões nos músculos, tecidos moles e pele circundantes. Em segundo lugar, a fisioterapia é feita de radiação. De um modo geral, a quantidade de radiação não é demasiado elevada e não afecta demasiado os tecidos e órgãos circundantes. No entanto, se a duração de cada sessão de fisioterapia for demasiado longa, a intensidade de cada sessão for demasiado elevada e o tempo entre sessões for demasiado curto, continua a ser prejudicial para o organismo, especialmente para as glândulas, como a glândula tiróide, os testículos dos homens e os ovários das mulheres, que podem ser prejudiciais. Por conseguinte, para as pessoas jovens, solteiras e inférteis, a duração da fisioterapia é estritamente limitada, ou seja, não fazer demasiado e não o fazer com demasiada frequência.