Não é recomendável vacinar os bebés quando estão a tomar medicação. Estar a tomar medicação significa que estão no meio de uma doença, seja ela infecciosa ou não infecciosa, e normalmente não é recomendável vacinar durante uma doença porque o corpo terá uma resposta imunitária à vacinação, o que pode agravar os sintomas da doença original, e pode haver uma maior probabilidade de uma reação alérgica à medicação. A vacinação durante a doença também tem maior probabilidade de ocorrer quando a criança tem sintomas digestivos, como perda de apetite, náuseas, vómitos, diarreia, distensão abdominal, etc. A vacinação tem maior probabilidade de ocorrer nesta altura de sintomas alérgicos, como erupções cutâneas, mas também sintomas digestivos ou sintomas respiratórios, que também podem agravar a doença original.