O tratamento da cistite requer a escolha de diferentes tratamentos com antibióticos, de acordo com os diferentes agentes patogénicos da infeção, sendo os mais utilizados as quinolonas, os antibióticos cefalosporínicos, etc. Além disso, é também necessário um tratamento sintomático, sendo administrados aos doentes medicamentos como o flavoxato, a flor de prata para a inflamação urinária, etc., que podem aliviar o desconforto. O tratamento leva tempo e não existem medicamentos de recuperação rápida. A maioria das cistites é causada por infecções bacterianas patogénicas e é tratada em primeiro lugar com antibióticos sensíveis, como a ofloxacina, a ciprofloxacina, a cefuroxima, etc., tal como prescrito pelo médico. No caso da cistite asséptica, é necessário eliminar a causa. Por exemplo, a cistite por quimioterapia deve ser interrompida e deve beber-se mais água para lavar a bexiga; a cistite glandular com hiperplasia atípica pode exigir a realização de uma cistectomia. Na fase aguda, a cistite deve ser tratada com mais repouso, beber mais água e urinar com mais frequência. As pessoas com infecções recorrentes do trato urinário devem procurar ativamente a causa da doença e eliminar os factores desencadeantes em tempo útil. Os doentes com cistite são aconselhados a dirigir-se atempadamente aos hospitais regulares e a receber tratamento normalizado sob a orientação de um médico.