A leflunomida é principalmente utilizada clinicamente no tratamento da artrite reumatóide e da nefrite lúpica. Na prática, a leflunomida é muito versátil e tem relativamente poucos efeitos adversos, sendo também eficaz na artrite psoriática, esclerodermia, vasculite e leucoartrite. Na prática clínica, a leflunomida tem relativamente poucos efeitos secundários. Os principais efeitos secundários são a diminuição dos glóbulos brancos, comichão na pele, perda de apetite, náuseas, lesões hepáticas, etc. Alguns doentes podem apresentar sintomas sistémicos, bem como colite, obstipação e fezes negras. Menos frequentes são a necrose femoral, a falta de ar, a dispneia, a dermatite de contacto, a dermatite fúngica, etc. Mas, em geral, os efeitos secundários da leflunomida em uso clínico são relativamente poucos e o perfil de segurança é relativamente fiável.”