O EBV é observado intracelularmente. As células hospedeiras do EBV no corpo humano são os linfócitos B, os linfócitos T, as células epiteliais e os miócitos. O EBV pertence à subfamília dos herpesvírus γ, que são vírus prototípicos do género Lymphofollicular virus. In vitro, todos os herpesvírus γ replicam-se em células linfóides. A principal glicoproteína do envelope externo do EBV, gp350/220, interage com CD21 para iniciar o processo de infeção e as fases iniciais da ligação do vírus a CD21 e da penetração são mediadas pela principal glicoproteína do capsídeo viral, gp350/220. O vírus adsorve-se à superfície da célula B, fazendo com que CD21 se agregue e “tampe”, após o que o EBV entra na vesícula da membrana lisa por citoses. Outra glicoproteína do envelope do EBV, a gp85, medeia então a fusão do vírus com a membrana da vesícula, resultando na libertação do capsídeo nuclear para o citoplasma da célula B. Em resumo, a infeção pelo EBV é intracelular.