Os efeitos secundários mais comuns das injecções de MSC na prática clínica são relativamente raros, sendo os mais comuns a hipotermia ou febre moderada, mas a temperatura corporal raramente excede os 38°C. Um pequeno número de pacientes também experimenta dores de cabeça leves após a injecção, alguns com náuseas e vómitos. Um pequeno número de pacientes pode também experimentar dores de cabeça ligeiras após a injecção, alguns com náuseas e vómitos, que normalmente recuperam após cerca de meio dia. Além disso, um pequeno número de pacientes pode sofrer de rubor facial após a injecção de MSC, mas esta desaparecerá gradualmente após cerca de 2 horas. Portanto, os efeitos secundários das MSC são relativamente raros, suaves e fáceis de gerir. Actualmente, as células estaminais hematopoiéticas são utilizadas principalmente como terapia adjuvante no transplante de células estaminais hematopoiéticas. A injecção de células estaminais hematopoiéticas pode promover a recuperação de células estaminais hematopoiéticas para a função hematopoiética do paciente o mais rapidamente possível.