O tempo necessário para curar a doença de Kawasaki em crianças pequenas está em grande parte relacionado com o facto de a criança ser tratada prontamente. Se a criança for tratada prontamente no prazo de dez dias após o início da doença, a doença da criança voltará normalmente ao normal no prazo de cerca de um mês, mas a criança terá ainda de ser acompanhada nos meses seguintes para verificar se existe alguma lesão cardíaca. No entanto, se o tratamento for adiado e a criança não for tratada no prazo de dez dias, existe o risco de subsistirem problemas cardíacos, como estenose coronária, aneurisma coronário ou mesmo insuficiência cardíaca. Para estas crianças, é necessária medicação a longo prazo e acompanhamento ambulatório regular.