Existem muitos tipos de megacólon congénito, incluindo o tipo de cólon total, o tipo de segmento longo, o tipo comum e o tipo de segmento curto. Dependendo do comprimento dos defeitos das células nervosas, os sintomas clínicos são diferentes, assim como os métodos de tratamento. O efeito do tratamento do megacólon do tipo cólon total é muito fraco, relativamente falando, não há uma boa maneira, de um modo geral, a fase inicial é necessária para fazer fístula, fazer alguma cirurgia especial, como a cirurgia de Martin. Se for um tipo de segmento longo, como todo o gânglio do cólon sigmoide está faltando, relativamente longo este tipo de anormalidade do cólon, quando a operação é geralmente resolver a fístula, de modo que a criança pode ser capaz de desenvolvimento nutricional normal, não pode ser muito falta de nutrientes, a segunda etapa pode ser feita quando a anastomose da cirurgia do cólon. Os tipos segmentar curto e comum podem agora ser tratados de forma minimamente invasiva, como por laparoscopia, com ressecção simples do intestino anómalo e reanastomose. Se for do tipo segmentar curto ou dilatação local da estenose anal, às vezes após a dilatação anal, a dilatação a longo prazo pode ser aliviada lentamente. Portanto, este tipo de cirurgia é geralmente baseado na gravidade da doença, quando a gravidade da doença pode ser feita primeira fístula, relativamente leve pode ser uma cirurgia de fase I diretamente anastomose.