O teste de ADN não invasivo não determina quem é o pai, sendo necessário um teste de paternidade para determinar a filiação. O teste de ADN não invasivo destina-se apenas a verificar o fragmento de ADN do feto, principalmente a informação genética do feto, de modo a detetar se o feto sofre das três principais anomalias cromossómicas: trissomia 21 (Síndrome de Down), trissomia 18 (Síndrome de Edward) e trissomia 13 (Síndrome de Patau), etc. O teste de ADN não invasivo apenas detecta anomalias cromossómicas e não inclui uma componente de teste de paternidade. Os testes de paternidade testam rotineiramente amostras, especificamente: sangue, esfregaços bucais, cabelo com folículos, etc. O teste de ADN não invasivo recolhe uma amostra de sangue que pode ser adicionada ao teste de paternidade, chamado teste de paternidade não invasivo pré-natal, que normalmente demora 6 semanas até que a presença de paternidade possa ser detectada através do sangue venoso da mulher grávida. O teste de ADN não invasivo não determina quem é o pai, pelo que as mães grávidas que pretendam ter a certeza de quem é o pai podem fazê-lo através de outros testes.