O permanganato de potássio não deve ser utilizado directamente na pele. Como químico, é utilizado clinicamente principalmente pelo seu efeito anti-séptico na área local, reduzindo assim o uso de antibióticos, e é mais frequentemente utilizado para doenças perirectas tais como hemorróidas, fístulas anais ou fissuras anais. Contudo, deve ser utilizado numa concentração de 1:5000, o mais vermelho claro possível, e não deve ser utilizado numa concentração demasiado elevada, pois é provável que cause queimaduras químicas na pele se for lavado directamente, o que não só não esterilizará a pele como também causará danos significativos na pele. Portanto, na prática clínica, o permanganato de potássio pode ser utilizado como bactericida, mas deve ser utilizado a uma concentração de 1:5000, caso contrário causará corrosão química na pele.