A taxa de mortalidade da esclerose sistémica varia de acordo com a extensão do envolvimento da doença. O prognóstico para a esclerose sistémica limitada é geralmente bom, com os doentes a permanecerem estáveis durante vários anos. O prognóstico da esclerose sistémica difusa é relativamente mau, com uma taxa de sobrevivência típica de 90 por cento aos 5 anos e de 84 por cento aos 10 anos. A causa de morte deve-se principalmente ao envolvimento de órgãos vitais, como os pulmões, os rins e o coração, e o prognóstico é pior se estes estiverem envolvidos. A hipertensão pulmonar é a principal causa de morte, sendo responsável por 12% de todas as mortes relacionadas com a SSS, com a fibrose pulmonar e as alterações cardíacas a contribuírem para outros 9% das mortes relacionadas com a SSS. Verificou-se que o tabagismo reduz a taxa de sobrevivência global das pessoas com esclerose sistémica. Se lhe for diagnosticada esclerose sistémica, é importante seguir as recomendações do seu médico para o tratamento, deixar de fumar e estar atento ao seu estilo de vida.