O prognóstico da encefalite séptica está diretamente relacionado com o organismo causador e com a condição física do doente, bem como com o facto de ser ou não administrado um tratamento antibiótico eficaz numa fase precoce. A encefalite séptica causada pelo pneumococo é mais comum na clínica, e o tratamento com antibióticos pode ser administrado ao doente, e os sintomas do doente podem ser significativamente reduzidos em cerca de 10-14 dias. A encefalite séptica causada por bacilos Gram-negativos tem um curso ligeiramente mais longo, com uma duração de cerca de 3 semanas. Apesar dos avanços significativos no desenvolvimento de antibióticos para a encefalite séptica, alguns doentes com encefalite séptica apresentam doenças potencialmente fatais e alguns doentes com meningite por encefalite séptica apresentam défices neurológicos.