Após a timpanocentese, os principais perigos incluem o seguinte: Em primeiro lugar, os sintomas de otite média não são resolvidos e haverá uma repetição de gotejamento da cavidade do ouvido médio após a punção, pelo que o paciente pode precisar de ser puncionado novamente ou mais vezes. Em segundo lugar, alguns pacientes podem sentir náuseas, vómitos e vertigens após o tratamento de punção, que normalmente melhora com o deitar-se e descansar de olhos fechados. Em terceiro lugar, após perfuração da membrana do tímpano, se o paciente obtiver água dentro do canal auditivo e tiver uma infecção, pode facilmente levar a que a membrana do tímpano do paciente seja perfurada e não cicatrizar. Se a perfuração for particularmente grande, afectará a audição do paciente e por vezes será acompanhada de zumbido. Como o canal auditivo externo está ligado à cavidade do ouvido médio, o paciente pode frequentemente sofrer de infecções do ouvido médio que podem levar a que o tímpano flua do ouvido.