O tratamento das malformações gastrointestinais nos recém-nascidos é cirúrgico, dependendo do local específico de aparecimento. O plano de tratamento adequado depende do grau de malformação. Malformação gastrointestinal neonatal se o local da lesão no trato intestinal, sintomas de obstrução intestinal, a necessidade de tratamento cirúrgico atempado; se o recém-nascido apareceu distúrbios electrolíticos, a necessidade de corrigir os distúrbios electrolíticos e desequilíbrio do equilíbrio ácido-base, a ser estabilizado após seguir as ordens do médico através de tratamento cirúrgico, como a anastomose duodenal. Quanto mais cedo se intervier na malformação gastrointestinal neonatal, melhor será o resultado, para evitar complicações graves nos recém-nascidos e para restabelecer a digestão e a absorção de nutrientes o mais rapidamente possível, de modo a promover o crescimento e o desenvolvimento normais dos recém-nascidos. As malformações gastrointestinais neonatais exigem que os pais levem os seus recém-nascidos para o hospital a tempo e sigam as instruções do médico para tratar ativamente.