As amostras de urina podem ser potencialmente contaminadas, quer pela sua própria via, quer através do tubo de amostragem. Se a área à volta da pele perineal não for limpa quando se recolhe uma amostra de urina, existe uma boa probabilidade de estar presente um grande número de agentes patogénicos, tais como vírus ou bactérias, que podem levar à contaminação da amostra de urina quando esta é recolhida. Também é possível que o tubo de amostragem, se não for limpo e esterilizado rigorosamente, possa levar à contaminação da amostra de urina. Se uma variedade de microrganismos patogénicos puder ser cultivada durante a análise da amostra de urina, tal pode ser causado pela contaminação da urina quando esta é retida, sendo necessário ter o cuidado de limpar corretamente o períneo e de reter a urina para análise.