A reparação craniana é atualmente uma técnica mais sofisticada e, normalmente, acarreta poucos riscos cirúrgicos, mas continuam a existir riscos de anestesia, lesões dos vasos sanguíneos e lesões dos nervos durante a operação.
A reparação óssea craniana é uma operação relativamente fácil em neurocirurgia, que é menos difícil de executar, não entra em contacto direto com o tecido cerebral e raramente causa danos no tecido cerebral. No entanto, existem ainda riscos como a anestesia e as lesões vasculares e nervosas, pelo que a operação intra-operatória tem de ser efectuada com delicadeza para separar os vasos sanguíneos e os nervos, de modo a não causar lesões e aumentar o risco da cirurgia.
Quando os defeitos cranianos são causados por várias doenças, a reparação craniana deve ser efectuada o mais cedo possível, desde que a doença primária tenha recuperado bem. A reparação craniana precoce pode ajudar a restaurar o fluxo sanguíneo intracraniano normal e melhorar o prognóstico do doente.